Identifican la secuencia genética de cientos de pacientes de coronavirus

Científicos y científicas de Argentina lograron identificar la secuencia genética del coronavirus de al menos 388 pacientes en todo el país en distintos laboratorios que conforman el “Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y Estudios genómicos de SARS-CoV2 (Proyecto PAIS)”, un espacio creado a partir de la pandemia que permitirá dar respuestas locales ante cada brote de enfermedades emergentes virales.

“El objetivo de este Consorcio es desarrollar habilidades en todas las regiones del país para que en el futuro se pueda responder localmente cuando surja otra enfermedad viral, o bien analizar sus propios brotes“, indicó este martes a Télam Mariana Viegas, investigadora del Conicet y coordinadora del Consorcio.

La investigadora explicó que “secuenciar” es “leer” cada una de las letras que codifica la información genética de un virus y que “nos va a decir cómo es el virus estructuralmente y cómo va a funcionar en un organismo“.

“Cada virus que logra ‘aislarse’ de la muestra de un paciente es una cepa; ahora bien, las características de esa cepa pueden ser exactamente iguales a las de otra persona. Por otra parte, esa secuencia de letras del virus tiene variaciones constantemente“, indicó.

Viegas sostuvo que “a través de pequeños cambios estudiados en un contexto evolutivo, los virólogos podemos agrupar a los virus en linajes y sublinajes”.

Más allá del aporte al conocimiento a nivel mundial -todas las secuencias que fue descifrando el Consorcio serán volcadas en la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data)-, obtener esta información permite describir qué pasa con el virus a nivel local, si los métodos de diagnóstico que se utilizan son adecuados, si alguna característica se puede asociar a la severidad de la enfermedad o bien trazar cadenas de transmisión en los brotes.

En su estudio más reciente, el Consorcio obtuvo 305 nuevos genomas de SARS-CoV2, 282 provenientes del AMBA (CABA y GBA) y 23 de otras zonas de la Provincia de Buenos Aires, para lo cual se seleccionaron muestras tomadas entre el 28 de marzo y el 12 de junio.

“Este trabajo nos permitió obtener muchas conclusiones y otras siguen en estudio. Lo primero fue identificar qué tipo de linajes circularon: En la Ciudad de Buenos Aires (CABA), un 76% fue linaje B.1.3; un 19,1% fue B.1.1.33; un 1,6% fue B.1.5; un 1,1% fue B.1; y hubo cuatro que representaron un 0,5% cada uno: linaje B.1., B.1.1.1, y linaje B.2 y B.2.1“, describió Viegas .

Y siguió: “En tanto, en las 122 muestras de la Provincia de Buenos Aires (PBA) fue la siguiente: B.1.3 (32,8 %), B.1 (23,0 %), B.1.1.1 (19,7 %), B.1.1.33 (13,9 %), B.1.5 (6,6 %) y B.1.1 (4,1 %)“.

Durante ese período y en base a las clasificaciones que obtuvieron, los investigadores concluyeron que la diversificación tuvo más que ver con “las distintas introducciones del virus” que con la “circulación entre las zonas estudiadas”, lo que estaría asociado a la restricción de circulación debido al Aislamiento Social Preventivo y Obligatorio (ASPO).

El informe señaló que existe “una marcada regionalización de los clusters genéticos (grupos de virus semejantes entre sí), muchos de estos compatibles con circulación viral comunitaria restringida a zonas geográficas específicas (GBA-Norte, GBA-Oeste y GBA-Sur)” en tanto que “si bien en algunos casos se observó relación cercana entre secuencias de GBA y secuencias de CABA, este patrón no fue el predominante”.

Otro punto que analizaron fue la circulación viral dentro de los barrios populares porteños (se tomaron el Padre Mugica de Retiro y Padre Ricciardelli de Flores), y en este aspecto, concluyeron que existió “una gran homogeneidad en las variantes virales” dentro de cada uno.

“Sin embargo las variantes responsables de los brotes en cada uno de los barrios fueron diferentes (B.1.3 para el primero y B.1.1.33 para el segundo)”, indicó el informe.

Un dato que permitió el análisis de las cepas fue, por ejemplo, determinar que “las secuencias provenientes de brotes de Olavarría y Necochea analizadas tendrían un ancestro en común cercano y probablemente provengan de una única cadena de transmisión”, que, a su vez están relacionadas con secuencias de la Ciudad.

También pudo observarse que “todas las secuencias que se asociaron a los casos de circulación comunitaria del GBA-Sur presentan una distribución geográfica superpuesta con el trazado de las vías de comunicación (Tren Roca, ruta 205) entre los municipios involucrados”.

Los investigadores alertaron, además, que “algunos de los genomas de SARS-CoV-2 estudiados presentaron cambios que podrían impactar en sus características biológicas o su diagnóstico molecular, incluyendo la capacidad de ser reconocidos por anticuerpos” pero advirtieron que esto hallazgos requieren más estudios e investigaciones.

Estas 305 nuevas secuenciaciones se suman a los 26 genomas logrados en abril por investigadoras del laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, provenientes de pacientes con historia de viaje (casos importados), contacto directo con casos importados, y de pacientes que no tuvieron contacto confirmado con casos importados (circulación autóctona).

Y también a las 57 secuencias genómicas de virus provenientes de pacientes de la Patagonia obtenidas en el nodo se secuenciación más austral ubicado en Ushuaia, Tierra del Fuego.

El Consorcio está conformado por un Nodo Central, integrado por el grupo de investigación del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (HNRG), en la Ciudad, y otros seis nodos integrados por Biocódices en la Universidad Nacional de San Martín (Unsam) y el Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular (Iabimo-INTA) en Castelar (ambos en provincia de Buenos Aires).

Otros nodos son el Hospital Regional de Ushuaia, junto la Universidad Nacional de Tierra del Fuego (Undte) y el Centro Austral de Investigaciones Científicas (Cadic-Conicet), en la Provincia de Tierra del Fuego; la Estación Experimental Agropecuaria (EEA) de Rafaela del INTA-Conicet en Santa Fe; el Laboratorio Central de Salud Pública de Neuquén y el Instituto de Patología Vegetal (Ipave-INTA) en Córdoba.

Fuente: Télam