Está ubicada en el llamado Corredor Verde de Misiones, en la región de las Sierras Centrales. Desde el punto de vista fitogeográfico corresponde a la ecorregión selva Paranaense. La cuenca alta del arroyo Piray Guazú, por ejemplo, forma parte del área protegida. Proyecto que nació a partir de la necesidad de resguardar un área en particular estado de conservación, debido a que las características onduladas y aún accidentadas del terreno crearon dificultades para la explotación forestal que normalmente tenía como resultado la degradación del bosque nativo. Su emplazamiento establece la conectividad entre otras áreas protegidas, incrementando la preservación de toda la región.
Aquí la cobertura vegetal responde a la tipología de selva mixta de laurel (Nectandra saligna) y guatambú (Balfourodendron riedelianum), con multitud de especies cuyo desarrollo ocupa los distintos niveles del bosque. Además se identificaron varias decenas de especies de árboles de distinto porte, como zapallo caspi (Pisonia zapallo), lapacho negro (Handroanthus heptaphyllus), lapacho amarillo (Handroanthus pulcherrimus), guayubira (Patagonula americana), grapia (Apuleia leiocarpa), incienso (Myrocarpus frondosus), espina de corona (Gleditsia amorphoides) e ibirá pitá (Peltophorum dubium), entre otros.
Y es este ambiente donde conviven gatos moros (pumas yaguarundi, especie que le da su nombre al área protegida), junto a alrededor de 25 especies de mamíferos, entre ellos monos caí (Sapajus apella), coatíes de cola anillada (Nasua nasua), ositos lavadores (Procyon cancrivorus), ocelotes (Leopardus pardalis), tatetos (Pecari tajacu), el pecarí labiado (Tayassu pecari), tapires y el tamanduá (Tamandua tetradactyla).
Obviamente no faltan reptiles, víboras cascabel (Crotalus durissus), yararacusú o urutú dorada (Bothrops jararacussu) y coral misionera (Micrurus corallinus), además de lagartos overos o teyú-guazú (Tupinambis merianae).
Yaguaroundí es de gran importancia por su riqueza ornitológica. Se registró la presencia de más de 200 especies, algunas de ellas raras o amenazadas. Los pájaros cantores están ampliamente representados, entre ellos las pequeñas mosquetas corona oliva, ceja amarilla, media luna, común, de anteojos, enana, cabeza canela y parda; pijuí corona rojiza, plomizo y negruzco y los fruteros overo, corona amarilla y coronado, entre muchos otros.
