Fuentes cercanas a la investigación indicaron que fue detenido en un departamento de Uriburu 1044 por parte de efectivos de la Policía Federal. Según trascendió, una vecina del edificio se comunicó con la línea 134 y dio datos precisos para poder detener al exfuncionario.
Thomas permaneció 48 días prófugo y desde un primer momento su abogado, José Manuel Ubeira, aclaró que no se entregaría, como hicieron la mayoría de los empresarios involucrados.
El Ministerio de Seguridad había ofrecido una recompensa de 500 mil pesos para dar con el empresario, exdirector de la Entidad Binacional Yacyretá (EBY), que figura en varios de los cuadernos redactados por Oscar Centeno, el exchofer de Roberto Baratta. Su nombre aparece en los escritos que refieren al pago de coimas.
Las anotaciones que tomó Oscar Centeno, y que dieron origen al expediente judicial, reflejan el trato cotidiano de exfuncionarios del exministro Julio De Vido con ejecutivos, la familiaridad con que se hacían entregas de dólares en efectivo y algunas excentricidades sorprendentes.
Según consta formalmente en el expediente, el ahora exprófugo misionero fue apuntado como autor de sucesivas entregas de dinero.
En la declaración como “arrepentido”, de más de 20 páginas, Oscar Centeno “homologó” los siguientes días, exfuncionarios de Planificación Federal y montos entregados por el entonces director ejecutivo de la EBY, Oscar Thomas, que aparecen en los cuadernos Gloria:
8 de diciembre de 2008 a Baratta sin precisar monto. 28 de enero de 2009 a Baratta entregó dinero sin precisar monto. 27 de mayo de 2009 a Baratta un paquete con dinero sin precisar monto. 29 de julio de 2009 a Baratta y Fagyas una caja con dinero sin precisar monto. 5 de agosto de 2009 a Baratta US$ 700.000.
12 de agosto de 2009 a Baratta y Gómez en un bolso unos US$ 1.100.000. 2 de septiembre de 2009 a Baratta un paquete con dinero sin precisar monto. 15 de enero de 2010 a Baratta una bolsa con dinero sin precisar monto. 21 de enero de 2010 entrega a Baratta aproximadamente US$ 200.000. 26 de enero de 2010 Baratta recibe un paquete con dinero sin precisar monto. 25 de febrero de 2010 Baratta recibe dos bolsas con aproximadamente US$ 300.000.
15 de marzo de 2010 Baratta retiro una bolsa con US$ 250.000. 20 de julio de 2010 Baratta recibe una bolsa con US$ 250.000. 7 de agosto 2013 Baratta retira dinero sin precisar monto. 13 de agosto Lazarte retira un bolso con dinero sin precisar monto. 18 de agosto de 2013 retira Baratta US$ 1.200.000. 18 de septiembre de 2013 Lazarte retira dinero sin precisar monto.
