Sin embargo, los estudiantes de la provincia se reincorporan casi la mitad menos que sus pares del resto del país. La principal causa de ausencia escolar es el clima, según mostró el Aprender 2017. 
El ausentismo escolar es una gran dificultad en Argentina porque reduce la posibilidad de aprendizaje del estudiante. Según reveló el Aprender 2017, el 53% de los directores de escuelas secundarias de Misiones admitió que el ausentismo es un problema en su establecimiento.
De los alumnos encuestados en la provincia, la mayoría (el 63%) dijo que falta un promedio de 15 faltas o menos durante el año, el 27% entre 15 y 24 inasistencias y el 10% más de 24 ausencias anuales, lo que representa el 5% del ciclo lectivo perdido. Sin embargo, en cuestiones de faltas, los alumnos secundarios misioneros son bastante más cumplidores que el promedio país donde casi el doble (17%) de los chicos admite que generalmente supera las 24 inasistencias, lo que significa que pierde el 9% del ciclo lectivo. En Argentina, solo el 47% de los alumnos secundarios tiene menos de 15 faltas por año y el 36% va de 15 a 24.
Las razones que llevan al ausentismo también difieren bastante entre los misioneros y sus pares del resto del país: en Misiones, casi la mitad de las faltas (el 44%) es por el clima (en el país, solo el 18% de los alumnos dicen que falta por esa causa). Solo el 21% de las inasistencias (y 27% en el país) se deben a problemas de salud de los alumnos. Por ayudar a padres o familiares en su trabajo determina el 2% del ausentismo en Misiones y 3% en el resto del país. Tampoco es tan significativo el trabajo fuera de la casa como causa de ausencia, con 2% en Misiones y 3% en las demás provincias; no ayudar con las tareas de la casa, con un 2% en la provincia y 3% en el promedio nacional.
Expectativas de estudio
El operativo Aprender 2017 mostró que, en Misiones, el 86% de los alumnos que cursa el último año del secundario asegura que seguirá estudiando después de recibirse (el mismo porcentaje que el promedio país), el 53% quiere estudiar con el sostén de su familia y el 33% restante proyecta estudiar y trabajar al mismo tiempo (en el resto del país, el 42% quiere trabajar y estudiar).
En tanto, cinco de cada cien adolescentes en Misiones que todavía no terminaron la secundaria están decididos a no seguir una formación académica superior e intentarán insertarse en el mercado laboral. Hay un 9% de jóvenes que no sabe qué quiere hacer después de terminar el secundario.
Los temas que quieren aprender
Otro de los ítems sobre los que indagó el Operativo Aprender 2017 fue el de los temas que los chicos quieren abordar en las escuelas y no están incluidos.
El 74% de los adolescentes que estudia la secundaria en la provincia quiere aprender sobre el uso de nuevas tecnologías y acceder a la educación sexual. Además, el 72% de los encuestados pidió que se enseñe sobre violencia de género y otros tipos de violencia; el 67% solicitó talleres de arte, música y teatro; el 63% quiere que se enseñe elaboración de proyectos; un 57% desea que se ofrezca talleres de cocina, manualidades y otros oficios;?y un 56% expresó su deseo de que la secundaria trabaje más con la comunidad.
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