Si bien no existe información puntual respecto a la formación de Cerro Azul, el sacerdote Héctor Berón testimonió que la tradición oral transmitida de generación en generación afirma que los primeros en asentarse en la zona fueron inmigrantes ucranianos que llegaron en 1897. Entre esas familias estaban los Yañuk, Stefañuk, Sass y Muruñak.
En 1908 y desde Brasil, arribaron los alemanes Baron, Frichzen, Woholfahr y Stein. En 1915 se instaló en el paraje Franja Verde un grupo de colonos de origen polaco (Smiak, Wrubel y Steleski).
Las viviendas de los pioneros eran de troncos aserrados a mano y todos practicaban horticultura, caza y pesca. Algunos trajeron instrumentos de labranza y herramientas. Los primeros caminos en el monte fueron abiertos a pico, pala y machete, por pequeños consorcios de colonos.
El origen del nombre de la localidad evoca el lugar brasileño desde el que llegaron los alemanes, región de “Cerro Pelado”, en Río Grande do Sul.
Con el tiempo la producción de la colonia fue orientándose hacia la yerba mate y el tabaco, productos comercializados en Santa Ana y Bonpland. El primer secadero de yerba fue instalado por Andrés Breitegger.
El 18 de abril de 1928, por decreto del gobernador Barreyro, se creó la comisión vecinal de Cerro Azul y se designó para integrarla -ad honorem- a Juan Carlos Bonetto, Emilio Vallenet, Marcos Vergara, Arturo Medrano Rosso y Francisco Rodríguez.
El 5 de diciembre de 1929, por decreto del mismo gobernador, se creó la Comisión de Fomento, dejando sin efecto la anterior comisión, fijando la jurisdicción municipal y designando miembros a Bonetto, Rodríguez, Medrano Rosso, Luis Crocce y Juan Demonari.
El 14 de septiembre de 1933, un decreto del presidente Agustín Pedro Justo destinó a la creación del pueblo el Lote 99 más la fracción B del lote 98, de la sección B del ensanche de la colonia Cerro Corá.
El 15 de octubre de 1957 adquirió status de municipio.
Posee cada vez más plantaciones de durazno y la planta procesadora del fruto, por lo que es conocida como Capital del Durazno.
